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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
29/11/2010 |
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Data da última atualização: |
20/12/2010 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
HERAI, R. H. |
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Afiliação: |
ROBERTO HIROCHI HERAI, CNPTIA, IB/UNICAMP. |
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Título: |
Metodologias de bioinformática para detecção e estudo de sequencias repetitivas em loci gênicos de transcritos quiméricos. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
2010. |
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Páginas: |
178 p. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular na Área de Bioinformática) - Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Michel Eduardo Beleza Yamagishi. |
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Conteúdo: |
A grande quantidade de dados biológicos gerados recentemente permitiu verificar que os genomas são repletos de seqüências repetitivas (SR), como microsatélites e elementos genéticos móveis, altamente improváveis de ocorrer estatisticamente se os genomas fossem gerados a partir de uma distribuição aleatória de nucleotídeos. Tal comprovação motivou a classificação de tais seqüências e também a construção de diversas ferramentas de bioinformática, além de mecanismos de armazenamento baseados em sistemas de gerenciamento de bancos de dados (SGBD) para permitir localizá-las e armazená-las para posterior estudo. Entretanto, foi com a comprovação biológica da importância das SR, como no mecanismo de interferência por RNAi (SR reversa complementar), que as SR despertaram maior interesse por parte da comunidade científica. Atualmente, já há fortes evidências que associam as SR com fenômenos biológicos bastante interessantes, como o processamento de RNA por cis-splicing e a formação de transcritos quiméricos, freqüentes em organismos inferiores e muito raro em organismos superiores. Tais tipos de transcritos podem ser gerados a partir de trans-splicing ou, como conjecturamos nesse trabalho, pela transposição de elementos genéticos móveis (como por exemplo transposons ou retrotransposons). Em virtude disso, este projeto propõe a construção de metodologias de Bioinformática, disponibilizadas na WEB, para detectar transcritos quiméricos em genomas de organismos, tanto em versões draft ou em alta qualidade, e também estudar as SR que ocorrem no locus gênico dos transcritos envolvidos na formação de uma seqüência quimérica. As ferramentas propostas permitiram identificar, a partir de bibliotecas de transcritos de full-length cDNA, tanto de humanos quanto de bovinos, novos transcritos quiméricos provenientes de células de tecidos normais, e que não seguem splice-sites canônicos na região de fusão dos transcritos envolvidos. Além disso, as seqüências encontradas apresentam uma elevada taxa de concentração de pares de SR do tipo reverso complementar no locus gênico dos dois transcritos que formam a seqüência quimérica. As ferramentas propostas podem ser utilizadas para outros organismos e direcionar trabalhos experimentais para tentar comprovar em bancada novos transcritos quiméricos, tanto em organismos inferiores quanto em superiores MenosA grande quantidade de dados biológicos gerados recentemente permitiu verificar que os genomas são repletos de seqüências repetitivas (SR), como microsatélites e elementos genéticos móveis, altamente improváveis de ocorrer estatisticamente se os genomas fossem gerados a partir de uma distribuição aleatória de nucleotídeos. Tal comprovação motivou a classificação de tais seqüências e também a construção de diversas ferramentas de bioinformática, além de mecanismos de armazenamento baseados em sistemas de gerenciamento de bancos de dados (SGBD) para permitir localizá-las e armazená-las para posterior estudo. Entretanto, foi com a comprovação biológica da importância das SR, como no mecanismo de interferência por RNAi (SR reversa complementar), que as SR despertaram maior interesse por parte da comunidade científica. Atualmente, já há fortes evidências que associam as SR com fenômenos biológicos bastante interessantes, como o processamento de RNA por cis-splicing e a formação de transcritos quiméricos, freqüentes em organismos inferiores e muito raro em organismos superiores. Tais tipos de transcritos podem ser gerados a partir de trans-splicing ou, como conjecturamos nesse trabalho, pela transposição de elementos genéticos móveis (como por exemplo transposons ou retrotransposons). Em virtude disso, este projeto propõe a construção de metodologias de Bioinformática, disponibilizadas na WEB, para detectar transcritos quiméricos em genomas de organismos, tanto em versões draft ou... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Chimeric transcripts; Full-length cDNA; Sequências repetitivas do ácido nucléico; Transcritos quiméricos. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Repetitive sequences. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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500 $aTese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular na Área de Bioinformática) - Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Michel Eduardo Beleza Yamagishi.
520 $aA grande quantidade de dados biológicos gerados recentemente permitiu verificar que os genomas são repletos de seqüências repetitivas (SR), como microsatélites e elementos genéticos móveis, altamente improváveis de ocorrer estatisticamente se os genomas fossem gerados a partir de uma distribuição aleatória de nucleotídeos. Tal comprovação motivou a classificação de tais seqüências e também a construção de diversas ferramentas de bioinformática, além de mecanismos de armazenamento baseados em sistemas de gerenciamento de bancos de dados (SGBD) para permitir localizá-las e armazená-las para posterior estudo. Entretanto, foi com a comprovação biológica da importância das SR, como no mecanismo de interferência por RNAi (SR reversa complementar), que as SR despertaram maior interesse por parte da comunidade científica. Atualmente, já há fortes evidências que associam as SR com fenômenos biológicos bastante interessantes, como o processamento de RNA por cis-splicing e a formação de transcritos quiméricos, freqüentes em organismos inferiores e muito raro em organismos superiores. Tais tipos de transcritos podem ser gerados a partir de trans-splicing ou, como conjecturamos nesse trabalho, pela transposição de elementos genéticos móveis (como por exemplo transposons ou retrotransposons). Em virtude disso, este projeto propõe a construção de metodologias de Bioinformática, disponibilizadas na WEB, para detectar transcritos quiméricos em genomas de organismos, tanto em versões draft ou em alta qualidade, e também estudar as SR que ocorrem no locus gênico dos transcritos envolvidos na formação de uma seqüência quimérica. As ferramentas propostas permitiram identificar, a partir de bibliotecas de transcritos de full-length cDNA, tanto de humanos quanto de bovinos, novos transcritos quiméricos provenientes de células de tecidos normais, e que não seguem splice-sites canônicos na região de fusão dos transcritos envolvidos. Além disso, as seqüências encontradas apresentam uma elevada taxa de concentração de pares de SR do tipo reverso complementar no locus gênico dos dois transcritos que formam a seqüência quimérica. As ferramentas propostas podem ser utilizadas para outros organismos e direcionar trabalhos experimentais para tentar comprovar em bancada novos transcritos quiméricos, tanto em organismos inferiores quanto em superiores
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Registro |
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| Registros recuperados : 7 | |
| 2. |  | RESENDE, A. V. de; SANZONOWICZ, C.; SENA, M. C. de; BRAGA, M. F.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G. Manejo do solo, nutrição e adubação do maracujazeiro-azedo na região do Cerrado. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. (Embrapa Cerrados. Documentos, 223).| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 4. | | MACHADO, C. T. T.; NASCIMENTO, M. T.; RESENDE, A. V.; MARTINS, E. S.; SENA, M. C. de; SILVA, L. de C. R. Extratores para potássio em solo adubado com pó de rochas silicáticas. In: ENCONTRO DE JOVENS TALENTOS DA EMBRAPA CERRADOS, 3., 2007, Planaltina, DF. Resumos apresentados. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2007. p. 80. (Embrapa Cerrados. Documentos, 176).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 5. | | RESENDE, A. V. de; MARTINS, E. de S.; OLIVEIRA, C. G. de; SENA, M. C. de; MACHADO, C. T. T.; KINPARA, D. I.; OLIVEIRA FILHO, E. C. de. Suprimento de potássio e pesquisa de uso de rochas "in natura" na agricultura brasileira. Espaço e Geografia, Brasília, v. 9, n. 1, p. 19-42, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - C |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 6. | | RESENDE, A. V. de; MACHADO, C. T. T.; MARTINS, E. de S.; SENA, M. C. de; NASCIMENTO, M. T. do; SILVA, L. de C. R.; LINHARES, N. W. Rochas como fontes de potássio e outros nutrientes para culturas anuais. Espaço e Geografia, Brasília, v. 9, n. 1, p. 135-161, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - C |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 7. | | RESENDE, A. V. de; MACHADO, C. T. T.; MARTINS, E. de S.; NASCIMENTO, M. T. do; SENA, M. C. de; SILVA, L. de C. R.; LINHARES, N. W. Rochas moídas como fontes de potássio para o milho em solo de cerrado. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2006. 19 p. (Embrapa Cerrados. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 162).| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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